于已抵扣进项税额的购进货物(不含固定资产)、劳务、服务，发生不得抵扣情形(简易计税方法计税项目、免征增值税项目除外)的，应当将该进项税额从当期进项税额中扣减;无法确定该进项税额的，按照当期实际成本计算应扣减的进项税额。
“认证时失控”和“认证后失控”的发票，暂不得作为增值税进项税额的抵扣凭证，经税务机关检查确认属于税务机关责任或是技术性错误造成的，允许作为增值税进项税额的抵扣凭证；如不属于税务机关责任以及技术性错误造成的，不得作为增值税进项税额的抵扣凭证，已经抵扣的，要求企业转出进项税额并补缴增值税。
3、公司丢失发票，会对纳税信用评价产生影响：未按规定保管纸质发票并造成发票损毁、遗失的，会被扣减一定的分数。容易造成纳税信用扣分的情况主要有以下几项：
一是未按规定期限纳税申报或代扣代缴;
二是未按规定保管纸质发票并造成发票损毁、遗失或擅自损毁发票
三是办理纳税申报后未按规定期限及时缴纳税款凡对方能够开具增值税发票的，必须使用发票作为扣除凭证。根据《企业所得税税前扣除凭证管理办法》规定：企业发生应税项目的支出，对方为已办理税务登记的增值税纳税人的，应当取得其开具的发票作为有效扣除凭证。具体咨询税务机关。
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